La muerte de Morelos dejó al movimiento insurgente sin un jefe capaz de acaudillarlo. Los combates se sucedían aislada y desordenadamente. El Nuevo virrey, Juan Ruiz Apocada, que sustituyó a Calleja debido a sus crueldades y excesos, prometió el perdón a los insurrectos si entregaban las armas; muchos de ellos lo aceptaron, pues creyeron perdida de lucha Esto fue un golpe para los que seguían luchando, ya que cedieron varios territorios que antes se había ganado, como el puerto de Boquilla de Piedra que permitía la entrada de Armas y municiones procedentes de los estados fronterizos.

Precisamente es esos momentos llegó a México el español Francisco Javier Mina, que sabía del movimiento y quería dar ayuda en su patria y de ser expulsado de ésta por oponerse a Fernando VII En el destierro conoció a fray Servando Teresa de Mier, quien le habló del movimiento de Independencia; de esta manera, Mina vio la posibilidad de luchar contra el gobierno tiránico del rey.

Mina no obtuvo en un principio gran aceptación popular; incluso se le veía con desconfianza porque sus intereses políticos no correspondían a la del pueblo inconforme. Cuando Mina regresó al fuerte del Sombrero, el Virrey Apodaca, temeroso de que sus triunfos lo volvieran más fuerte y difícil de detener, ordenó atacarlo duramente, sitiando el fuerte.

Por más Mina trató de romper el sitio no lo logró porque fue acorralado por la escasez de víveres y municiones; entonces decidió salir del lugar para traer recursos, pero no consiguió regresar. Mina viajó a Guanajuato, pero, como ya se encontraba muy fatigado, se refugió en el rancho El Venadito, donde él y Pedro Moreno fueron sorprendidos. Moreno murió en la lucha y Mina fue prisionero; luego fue sentenciado a muerte por un consejo de guerra y fusilado el 11 de noviembre del año 1817.

A la muerte de Mina, los fracasos continuaron, los lugares fortificados, como el fuerte de Palmillas en Veracruz o el de Jaujilla en Michoacán, cayeron en manos del enemigo, lo mismo que jefes como Rayón y Bravo, que fueron condenados a cadena perpetua. Después una nueva etapa de lucha estaba cerca, Guadalupe Victoria Peleaba en Veracruz, mientras Vicente Guerreo lo hacía en las montañas del sur. Guerrero tenía experiencia en la insurgencia; había combatido bajo las órdenes de Galcana y Morelos, quien lo consideró un hombre 1" y valiente, cualidades que no tardó en demostrar.

Guerrero libró muchas batallas con éxito. En 1812 siendo apenas capitán derrotó al español Llano, lo que le valió seguidores para la causa insurgente; en 1815, con el grado de coronel, obtuvo en Tiapa una gran Victoria; en 1816 derrotó a los realistas en el cerro de Piaxtía. Debido a sus victorias, fue nombrado general en jefe de las tropas del sur, sostuvo una lucha en casi oda la zona del río balsas y la costa del sur, que le proporcionó valiosos recursos para la lucha. Mientras tanto el brigadier Armijo renunció a su cargo porque no pudo detener el avance de las tropas sureñas, que afianzaron la acción bélica del insurgente hasta la consumación de la independencia.